更火上烧油的是，杨文干听说募集兵勇的事情被陛下发现，太子还被陛下囚禁。他知道自己无法逃脱造反的罪名，便决定一不做二不休，干脆起兵造反。
李渊没办法，传召秦王李世民商量此事。李世民在宫中，早已听说太子被囚之事，但是在这个时刻，他觉得自己不便于在父皇面前发声，所以一直没有参言。现在见父皇召他谈及此事，他才故作惊讶地问道：“太子谋反？这怎么可能呢！父皇是不是弄错了？他已经是太子了，难道他连继位都等不及了？”
李渊摆摆手，“这逆子也太不像话了，竟敢做出如此无父无君的事情来！他的所作所为太让朕失望了，枉负朕精心栽培他这么多年！现在先不谈他的事情，朕最焦虑的是杨文干谋反，这件事怎么收拾？”
“据儿臣了解，杨文干这人无才无德，又素无威望。他起兵造反，翻不起什么大浪来，父皇大可不必为此事担忧。逆贼杨文干既然做这种狂妄叛逆的事来，想必他的僚属应当已经将他擒获并杀掉了。如若不然，就直接派遣一员将领去讨伐他就是了。”
李渊担心道：“不能这样！杨文干是因假太子的名而起兵，朕担心响应他的人肯定不少。而此事又关系到大唐的储君、国体，所以此事还是最好由你亲自前往。太子做出如此不忠不孝的事情来，哪还有太子的体统？你回来以后，朕便立你为太子。朕也不愿意效法隋文帝去诛杀自己的儿子，届时就把他降为蜀王。蜀中兵力薄弱，如果以后他能够侍奉你，你就保全他的性命。如果他不肯侍奉你，你要捉拿他也易如反掌。”
“父皇千万不可这样，儿臣何德何能，敢担太子的重任！想必大哥也是一时糊涂，或是受了别人的窜掇也未可知。请父皇暂息雷霆之怒，宽恕他这一次吧。”
“朕知道朕能有这大唐江山，你最是劳苦功高。没有册封你为太子，朕也知道对不住你，确实是委曲了你的才能。现在朕意已决，你就不要再推辞了。你现在即刻点兵，前去剿灭杨文干。朕再与其他大臣商议一下，你回来后就筹备立储之事。”
谁知李世民前脚刚出发，李元吉与嫔妃便轮番替李建成求情。
李元吉长跪在李渊面前，边痛哭边磕头道：“父皇明鉴。儿臣绝不相信太子会谋反。太子本来就是储君，他怎么会谋反？他又有必要谋反吗？父皇，太子乃是一国储君，关乎国体！不能轻言废立！请父皇千万不要听信了小人谗言，误伤了太子啊”
裴寂、封德彝等重臣又在外朝设法解救李建成，并带领众多大臣在仁智宫门外长跪，为李建成说情。他们整日在宫门外哭喊：“陛下，太子仁义敦厚，勤政爱民，任劳任怨。才德气度，俱是优良，实在是难得的储君。废立太子之事关乎国体，实是关乎江山社稷的大事。请陛下三思，勿轻言废立太子啊！”
在众人的轮番劝说下，李渊很快便改变了主意，又让李建成回京城留守。只责他不能以兄长之礼对待兄弟，致使兄弟关系不和睦的过错。而将全部罪责推给了太子中允王圭、左卫率韦挺和天策上将府兵曹参军杜淹，将他们一并流放到了巂州。
李渊这么做，等于是将太子府和天策府各把一大板子了事！
秦王李世民率领军队来到宁州以后，杨文干的党羽便全部溃散。杨文干走投无路，被自己的部下杀死。这场风波才告一段落。
可回来后李世民却是失望至极，自己劳心费神什么也没有，反而受到了父皇更多的猜忌。
而李渊对此事的处理，却使李建成和李世民之间的斗争越发激烈了。